２０１１年３月11日午後２時４６分、東北地方を震源とするマグニチュード９,０の大地震が発生した。

聖学院はこの日、３学期の答案返却日で、生徒は午後１時に登校し、定期考査の答案やノート類の返却がされていた。地震が発生したのは、各クラスの答案返却が終わり20分ほど経った時だった。中学３年生（当時）は、卒業式の予行のため全員、講堂にいた。他学年の生徒は、既に帰宅の徒についた者や、クラブ活動や面談で校内に留まる者もいた。
　今回の地震は、その強さとともに、揺れの長さが不安を増長させた。揺れが収まった段階で、すぐに校内に留まっている生徒の点呼確認が行われ、その後、全員講堂に集まるよう指示された。震源地や震度の説明があり、同時に、全ての交通機関が麻痺したことが知らされた。今後の対応として、徒歩で帰れる高校生は担任に申し出ること、中学生で家が近い者は、教員の引率のもと徒歩帰宅すること、徒歩で帰ることが難しい生徒はこのまま校内に留まることが指示された。
　その後も、数回にわたって講堂で、情報の伝達と今後の対応の説明が行われ、結局、帰宅ができない５００名の生徒が学校に宿泊することになった。教員から「落ち着くこと」、「校舎から出ないこと」などが注意され、中学１年生から順番に、簡易寝袋と非常食を渡され、生徒は教室に戻った。本館ロビーには、情報を収集できるようテレビが置かれ、夜になると、炊き出しのおにぎりが配られた。夜中に車で迎えにくる保護者も多く、校門には常に教員が交替で立った。
　翌、１２日朝、再び講堂に集合し、校長先生のお祈りの後、交通機関の運行状況が説明され、運転再開とともに、同じ路線の者がグループになって帰宅を開始した。まだ再開されていない路線も多く、教員から、どの駅で乗り換えれば帰宅できるかを教えてもらう生徒も多くいた。自宅に帰ることを諦め、より近い親戚の家に一時的に身を寄せる者もいた。午後１時までに大半の生徒の帰宅が終わり、最後に残った２人の生徒は、教員が車で送った。この日以降、当分の間、生徒の出校の見合わせと、クラブ活動の中止が指示された。
　都内近郊の学校では、卒業式の中止が相次いだが、聖学院では、代表者１名への卒業証書授与という短縮した形で中学校卒業式が行われた。
　４月に入り、学校と生徒会が募金活動を始め、被災者を受け入れてくれる家庭を調査するアンケートが行われた。